Le Secrétariat Permanent du Mécanisme Africain d’Evaluation par les Pairs est placé sous la tutelle du Ministère en charge des Affaires Etrangères.
Le Secrétariat Permanent du MAEP assure la liaison entre le Conseil National de la Gouvernance, le Point Focal et le Secrétariat continental du MAEP.
Le Secrétariat Permanent facilite et appuie le travail des institutions techniques de recherche à l’occasion des évaluations.
Le Secrétariat Permanent du MAEP est dirigé par un Secrétaire Permanent nommé par décret en Conseil des Ministres sur proposition du Ministre chargé des Affaires Étrangères.
Le Secrétaire Permanent du MAEP est nommé Ambassadeur. Il a rang de Conseiller Technique
Le Secrétaire Permanent prépare chaque année le projet du budget qui est discuté et validé par le Conseil National de la Gouvernance du MAEP.
Le Secrétaire Permanent du MAEP est ordonnateur délégué des crédits budgétaires inscrits au budget Secrétariat National du MAEP.