Le Secrétariat Permanent du MAEP est chargé :
- De la mise en œuvre des décisions prises par le Conseil National de la Gouvernance du MAEP ;
- de la liaison administrative avec le Secrétariat Continental du Mécanisme Africain d’Evaluation par les Pairs, le Secrétariat du NEPAD et avec toutes autres institutions nationales, africaines et internationales concernées par le Mécanisme Africain d’Evaluation par les Pairs ;
- de la préparation au plan technique et ce, sur instructions du Ministre Point Focal du MAEP, de la participation du Burkina Faso au Forum africain sur la gouvernance ;
- de l’organisation aux plans techniques et matériels des missions de l’équipe de soutien du Secrétariat Continental du Mécanisme Africain d’ Evaluation par les Pairs ;
- de la rédaction du rapport d’auto – évaluation fait par le Conseil National de la Gouvernance du MAEP ;
- de l’élaboration du programme d’actions national du MAEP sur recommandations du Conseil National de la Gouvernance du MAEP ;
- de toutes autres missions à lui confiées par le Président du Conseil National de la Gouvernance du MAEP et le Ministre Point Focal du MAEP.